Već ti je odgovorio McCracken... ali još uvek nisi shvatio. No dobro, dodaću par reči, možda bude jasnije.
Kad otvoriš neku stranicu sajta, i recimo virneš u kod... vidiš ono što ti server pošalje. Ako se na serverskoj strani koristi serversko skriptovanje, taj izlazni fajl može da se sklapa na najrazličitije načine, a jedan od njih je baš ovaj za koji se raspituješ.
To što kažeš da nisi primetio da se ovo koristi je zato što ne možeš da vidiš fajlove na serveru već samo ono što ti server šalje.
Da li može da bude neki problem s tom metodom? Pa ne, recimo da ne. U praksi... kreni, pa će se desiti da se problem pojavi, ali sve je to rešivo. Taj fajl što si pomenuo kao primer - zaglavlje.php - može da bude prilično različit od slučaja do slučaja i da se koristi na različite načine, iako ga recimo uvek pozivaš na isti način.