to isto pitanje postavljaju i oni koji se godinama bave veb aplikacijama
definitivno, prelazi se na html5 (sto znaci da odmah eliminises prikaz u startijim IE)
da li ce se videti isto, zavisi od velicine telefona i tableta, ali se uglavnom praktikuje responsive design - prema velicini ekrana. Guglaj na tu temu.
SEO ti je posebna oblast, ali je bitno da se najpre HTML napise prema standardima (W3C i slicno)
Sto funkcionalniji sajt zavisi od toga kako ce ga programeri uraditi, tu nema saveta. Neko zeli sto jednostavniji, rezultate na par klika, neko zeli svemirski brod u pretragama...
Ako pravis staticki sajt, onda jezici ne trebaju da budu problem. Ako radis dinamicki, onda je to komplikovanije i ima dosta resenja.
Ovo ti je uopsteni ofgovor, a svaki zasebno je i posebna tema, ali i poseban forum...